Die Geschichte der Schützenkompanie St. Margarethen reicht bis ins Jahr 1796 zurück wo die Kompanie das erste Mal urkundlich erwähnt wurde. Die Beteiligung der Kompanie an den Freiheitskämpfen von 1809 ist belegt durch eine Inschrift auf einem früheren Marterl beim Axdorf in Gallzein, wo ein gewisser Kometer aus Koglmoos gegen die Bayern und Franzosen gefallen sei. Da bei diesen Kämpfen auch die Kirche in St. Margarethen gebrandschatzt wurde und in späteren Jahren ein weiterer Brand alles vernichtete, fehlen kirchliche Aufzeichnungen aus dieser Zeit. Die älteste Aufzeichnung in den Kirchenbüchern über Ausrückungen der Schützenkompanie und Musikkapelle bei Bittprozessionen datiert aus dem Jahre 1842. Aus dieser Zeit stammen auch die Originalbilder auf der noch heute getragenen Schützenfahne. Ein altes Bild aus dem Jahre 1848 belegt, dass von der damaligen Schützenkompanie der alte Schießstand in St. Margarethen betreut wurde. 

Seit 2015 befindet sich die Kompanie unter der Führung von Hauptmann Andreas Partl.